同力协契,共克时艰,防疫不停研
新冠肺炎疫情发生以来,Tanglab的老师同学们都隔离在家,无法正常开展实验工作,疫情虽然阻挡了人们的相聚,却无法阻止知识的传播、无法阻止思想的传递。 本着“防疫不停研”的精神,Tanglab借助网上会议平台举行每周例行的线上Journal Club讨论和小组间的课题讨论,帮助同学们在家隔离期间也能进行有效的学习。由于疫情防控的要求,实验室的成员在长达几个月的时间内都不能进入实验室开展相关实验,给相关课题的进展造成了一定的困难。但是通过对已有的实验数据进行整理分析,撰写相关论文。在疫情期间,Tanglab仍然源源不断的有成果产出,疫情发生以来已发表了四篇学术论文。
5月5日,《JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B》刊发了Tanglab成员在化学交联质谱领域取得的进展(论文全文链接)。论文中提出交联剂的构象具有伸展和紧凑两种构象,但结合到氨基酸残基上主要是伸展构象,这种偏好性决定了蛋白上反应氨基酸的交联概率。化学交联质谱的距离的这种概率分布可被用到蛋白结构建模中更严格的距离约束以及更好的使用化学交联质谱的数据。该论文的第一作者是龚洲副研究员,通讯作者是唐淳研究员,博士生叶尚祥,硕士生聂泽锋参与了部分研究工作。
6月6日,分子生物学权威期刊《Journal of Molecular Biology》刊发了Tanglab团队在RNA动态结构研究的最新结果(论文全文链接)。研究团队通过溶液核磁共振、小角X射线散射、荧光滴定、全原子分子动力学模拟等方法,系统比较和研究了常温菌(Bacillus subtilis, Bsu)和嗜热菌(Thermoanaerobacter tengcongensis, Tte)体内的两种preQ1核糖开关的溶液动态结构。提出了preQ1核糖开关的多层次折叠模型,并揭示了不同物种的preQ1核糖开关适应不同生理环境温度的分子机制。该论文的第一作者是龚洲副研究员,博士生杨帅是共同第一作者,通讯作者是唐淳研究员。
6月15日,分子生物学权威期刊《Journal of Molecular Biology》刊发了Tanglab团队在GPCR研究中的最新进展(论文全文链接)。研究团队通过发展活细胞水平的快速荧光标记方法(split-GFP)。在此基础上,基于荧光寿命成像分析方法( Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy,FLIM )对膜蛋白GPR17在细胞水平的同源二聚进行了结构表征。并在细胞水平比较了单体和二聚体的功能。该论文的第一作者是杨菊实验师,龚洲副研究员是共同第一作者,唐淳研究员和浙江大学张纬萍副教授是论文的通讯作者。
8月6日,结构生物学权威期刊《Structure》刊发了Tanglab团队在化学交联质谱分析的计算研究方面的最新进展(论文全文链接)。化学交联质谱分析(Chemical cross-linking coupled with mass spectrometry,CXMS),是近十年发展起来的结构生物学技术。CXMS测量所获得的距离约束传统上施加于蛋白质的Cα原子或Cβ原子之间,这样的距离约束会超过20Å,因此对结构精度的提升有限。针对这一问题,研究团队通过对已有的CXMS实验数据进行比对分析,同时借鉴生物磁共振的思路,发展了将交联剂修饰的侧链Cω原子作为距离约束点的新方法。这种方法将约束范围缩小到了6Å以内,就大大提高了蛋白质结构计算的精度。这种距离约束不仅提高了蛋白质的静态结构的计算精度,还可以分析表征蛋白质结构的动态变化。该论文的第一作者是龚洲副研究员,通讯作者是唐淳研究员,博士生叶尚祥参与了部分研究工作。
(by 叶尚祥,龚洲)